Dès son plus jeune âge, Frédéric Blanc se découvre une passion pour l’improvisation au piano et à l'orgue. Après une formation aux conservatoires de Toulouse et de Bordeaux, il poursuit ses études avec André Fleury et Marie-Madeleine Duruflé. Récompensé lors de concours internationaux de premier plan (2e prix du Grand Prix de Chartres en 1996 et 1er prix du Concours international de la Ville de Paris en 1997), il entame une carrière internationale d'organiste. Il intervient aussi dans de grandes universités où il est invité à donner des master classes.
Frédéric Blanc s'est déjà produit lors de nombreux festivals d'orgue à Bonn, Chartres, Roquevaire, Rome, Monte Carlo ou encore au festival Toulouse Les Orgues, au Brucknerfest de Linz et au Münchener Orgelherbst. L'organiste se produit également en duo avec la harpiste Marie-Pierre Cochereau et en tant qu'accompagnateur du trompettiste de la Garde Républicaine Stéphane Vaillant.
Ses concerts sont régulièrement retransmis par des radios allemandes (Bayerischer Rundfunk), américaines et françaises. Il participe lui-même à des émissions de radio dans lesquelles il partage l'improvisation et la musique française pour orgue. Le faible de Frédéric Blanc pour cette dernière se reflète dans ses coopérations avec les labels Motette, EMI ou encore Baroques Notes. Il a en outre publié une biographie d'André Fleury, des souvenirs et des écrits de Maurice Duruflé et plusieurs reconstitutions d'improvisations de Pierre Cochereau. En tant que membre de la commission des orgues de la ville de Paris et membre de la commission des orgues non protégés, Frédéric Blanc travaille au sein du département Musique du ministère français de la Culture.
Depuis 1999, il est organiste titulaire de l'église Notre-Dame d'Auteuil à Paris sur l'un des plus beaux orgues symphoniques de la capitale.